Tijdens de Tweede Wereldoorlog bombarderen de Russen Breslau, waar zich een geheim laboratorium van de Duitsers bevindt. De nazi’s executeren ter plekke alle medewerkers die te maken hebben met de experimentele proeven in het laboratorium. De enige overlevende is een baby met een rode tatoeage van een rune onder zijn voet.

Jaren later wordt Sigma ingezet, de Amerikaanse elite-eenheid onder leiding van Grayson Pierce, om een reeks vreemde incidenten te onderzoeken die in verband wordt gebracht met de gebeurtenissen in Breslau.

In navolging van Steen der wijzen is ook De zwarte orde een adembenemende thriller waarin Rollins puzzels en mystiek combineert met razende actie en uitstekende research.